Wszelkie zbiory muzealne Muzeum w Bruntálu zostały, zgodnie z ustawą nr 122/2000 Sb. [Dz.U.] o ochronie zbiorów o charakterze muzealnym i zmianie niektórych innych ustaw, w aktualnym brzmieniu, wpisane pod numerem ewidencyjnym MBR/002-05-07/155002 w Centralnej ewidencji zbiorów Ministerstwa kultury Republiki Czeskiej jako Zbiór Muzeum w Bruntálu.
Zbiory składają się z dwóch podkolekcji, mianowicie z podkolekcji przyrodniczej, która powstała przez połączenie dwóch oryginalnych kolekcji muzeum – geologicznej, botanicznej, zoologicznej i entomologicznej, oraz podkolekcji społecznej, która powstała przez połączenie oryginalnych kolekcji muzeum – archeologicznej, historycznej, historii sztuki, etnograficznej, starych druków i leśniczej.
Muzeum w Bruntálu administruje także zbiorami, które są w myśl ustawy nr 20/1987 Sb. [Dz.U.] o państwowej opiece nad zabytkami, w aktualnym brzmieniu, uznawane za ruchome zabytki kultury. Przedmioty te tworzą dwie duże grupy: kolekcja ruchomości pałacu Bruntál oraz biblioteki pałacu Bruntál i zamku Sovinec.
Podkolekcja społeczna
Podstawy podkolekcji społecznej pochodzą z czasów założenia muzeum w początkach XX wieku. W latach 50. do bruntálskich zbiorów włączono zbiory muzeum w Vrbnie pod Pradědem, muzeum w Rýmařovie i muzeum w Horním Benešovie. W sposób bardziej systematyczny zaczęto zbiory uzupełniać dopiero w latach 70. XX wieku. Kolekcja dokumentuje głównie okres XIX i XX w. Znaleźć tu jednak można także artefakty dotyczące czasów średniowiecznych i nowożytnych. Proweniencja przedmiotów z kolekcji dotyczy w zdecydowanej większości Śląska i północnych Moraw, szczególnie Bruntála i jego okolic. Podkolekcję tworzą grupy (zbiory): archeologiczne, historyczne, historii sztuki, etnograficzne, starodruków i leśnictwa.
Podkolekcja przyrodnicza
Przedmioty znajdujące się w podkolekcji przyrodniczej zostały uzyskane przez Muzeum w Bruntálu dopiero po utworzeniu odrębnego działu przyrodniczego pod koniec lat 50. XX wieku. W sposób bardziej systematyczny zbiory przyrodnicze zaczęto uzupełniać od 2. połowy lat 60. XX w., a od lat 70. wprowadzono wewnętrzny podział na zbiory geologiczne, botaniczne, zoologiczne i entomologiczne. Przeważająca część kolekcji pochodzi z lat 1925-1984. Jeżeli chodzi o proweniencję, elementy tej podkolekcji pochodzą ze Śląska i północnych Moraw, szczególnie ze wschodniej części Hrubého Jeseníka, z Nízkégo Jeseníka, Zlatohorskiej vrchoviny i Slezskiej nížiny, a także z Bruntála i okolicy.
Podkolekcję tworzą grupy (zbiory): botaniczny, zoologiczny, geologiczny, entomologiczny.
Kolekcja ruchomości pałacu Bruntál
Kolekcja ruchomości pałacu Bruntál zapisana jest w Centralnym spisie zabytków kultury pod numerem rejestracyjnym 13406/38-7626. Składa się na nią zbiór ruchomych zabytków kultury o wartości historycznej i artystycznej, obejmujący 1742 jednostki i zespoły podstawowego wyposażenia pałacu, a także 10 najważniejszych kolekcji z budynków pałacowych, które dzisiaj nie istnieją lub są wykorzystywane do innych celów. Podstawy zbiorów ruchomości powstały na przełomie XIX i XX w., za czasów Wielkiego Mistrza Eugeniusza Habsburga. Jego najcenniejsza część to kolekcja obrazów i grafik, mebli rokokowych oraz mebli z XIX w., militariów, oświetlenia i pieców kaflowych. Cały zbiór, który pozostał po częściowym rozgrabieniu w latach powojennych, został wraz z kolekcjami z innych obiektów rozlokowany w 1951 r. w 11 zamkach Moraw Południowych i innych instytucjach muzealnych, a w latach 1957–1960 stopniowo powrócił, niestety tylko częściowo, do pałacu Bruntál
Jego części do dziś znajdują się w kilku zamkach Moraw środkowych i południowych.
Wszystkie przedmioty wpisano do tzw. czarnych ksiąg (przyrostowo) oraz do Głównego Rejestru Zbiorów Ruchomości. Jego administracja kieruje się Instrukcjami Metodycznymi Min. Kultury ČSR z dnia 28. 12. 1975 nr ref. 2991/76 oraz instrukcjami Min. Kultury ČSR 3272/74-VI/1.
Biblioteki pałacu Bruntál i zamku Sovinec
Biblioteki pałacu Bruntál i zamku Sovinec (wpisane do Centralnego spisu zabytków kultury pod jednym numerem indeksu 13309/38-8226) reprezentują biblioteki historyczne, które powstały w ramach ukierunkowanych działań mających na celu tworzenie księgozbioru. Biblioteka pałacu Bruntál zawiera 9 308 dzieł (około 13 000 tomów), z czego 33 rękopisów, a biblioteka zamku Sovinec 19 792 pozycji (22 rękopisy). Obie znajdują się budynku pałacu Bruntál. Ich administracja kieruje się Wytycznymi Min. Kultury ČSR z 8. 6. 1969 nr ref. 10284/69.
Bruntálska biblioteka pałacowa założona została przez Wielkiego Mistrza Antona Viktora w roku 1803, gdy zawierała kilkaset woluminów. Została ona znacznie rozbudowana szczególnie przez arcyksięcia Eugeniusza, który kazał przywieźć do Bruntálu księgi ze swych siedzib w Austrii. Jest częścią ekspozycji pałacowej, gdzie znajduje się w większości w na oryginalnym miejscu i na oryginalnych półkach. Sovinecka biblioteka zamkowa powstała na przełomie XIX i XX wieku (Eugeniusz Habsburg). W roku 1945 została przewieziona do Bruntálu, co ją uratowało przed pożarem. Od roku 1950 do początku lat 90. XX w. znajdowała się w Opavie (Slezská studijní knihovna), następnie w Radimiu, a dzisiaj znajduje się w depozytarium Muzeum w Bruntálu w pałacu Bruntál.