Veškeré muzejní sbírky Muzea v Bruntále byly v souladu se zákonem č. 122/2000 Sb., o ochraně sbírek muzejní povahy a o změně některých dalších zákonů v platném znění, zapsány pod evidenčním číslem MBR/002-05-07/155002 do Centrální evidence sbírek Ministerstva kultury České republiky jako Sbírka Muzea v Bruntále. Studium sbírky Muzea v Bruntále se řídí platným badatelským řádem.
Sbírka se skládá ze dvou podsbírek, a to z podsbírky přírodovědní, která vznikla sloučením původních muzejních sbírkových fondů geologie, botaniky, zoologie a entomologie, a podsbírky společenskovědní, která vznikla sloučením původních muzejních sbírkových fondů archeologie, historie, historie umění, etnografie, starých tisků a lesnictví.
Muzeum v Bruntále spravuje i sbírky, které jsou ve smyslu zákona č. 20/1987 Sb., o státní památkové péči v platném znění, prohlášeny movitými kulturními památkami. Tyto předměty tvoří dvě velké skupiny: mobiliární fond Zámku Bruntál a knihovny Zámku Bruntál a Hradu Sovince.
Podsbírka společenskovědní
Základ podsbírky společenskovědní pochází z dob vzniku muzea na počátku 20. století. V 50. letech byly
do bruntálských sbírek začleněny fondy z muzea ve Vrbně pod Pradědem, rýmařovského muzea a muzea v Horním Benešově. Systematičtěji začal být tento sbírkový fond doplňován až od 70. let 20. století. Sbírka dokumentuje převážně období 19. a 20. století. Nalezneme zde však i artefakty vztahující se k období středověku
a novověku. Provenience sbírkových předmětů se z valné většiny vztahuje k Slezsku a severní Moravě, zejména pak k Bruntálsku a okolí. Podsbírka je tvořena skupinami (fondy): archeologie, historie, umělecká historie, etnografie, staré tisky, lesnictví.
Podsbírka přírodovědní
Sbírkové předměty podsbírky přírodovědní byly do bruntálského muzea získávány až po vzniku samostatného přírodovědného pracoviště na konci 50. let 20. století. Systematičtěji byly přírodovědné sbírky doplňovány od 2. poloviny 60. let 20. století, od 70. let pak byly vnitřně členěny na fondy geologie, botaniky, zoologie a entomologie. Převážná část sbírky pochází z let 1925-1984. Provenienčně pocházejí sbírkové předměty této podsbírky ze Slezska a severní Moravy, zejména východní části Hrubého Jeseníku, z Nízkého Jeseníku, Zlatohorské vrchoviny a Slezské nížiny, dále z Bruntálska a okolí.
Podsbírka je tvořena skupinami (fondy): botanika, zoologie, geologie, entomologie.
Mobiliární fond Zámku Bruntál
Mobiliární fond Zámku Bruntál je v Ústředním seznamu kulturních památek zapsán pod rejstříkovým číslem 13406/38-7626. Představuje soubor movitých kulturních památek historické a umělecké hodnoty čítající 1 742 jednotek a souborů kmenového mobiliáře a také 10 nevýznamnějších svozů ze zámeckých objektů, které dnes neexistují nebo jsou využívány k jiným účelům. Základ mobiliárního fondu se vyhranil na přelomu 19. a 20. století za doby působení velmistra Evžena Habsburského. Jeho nejcennější část představuje sbírka obrazů a grafických listů, rokokového nábytku a nábytku z 19. století, militarií, svítidel a kachlových kamen. Celý fond, který zbyl po částečném rozkradení v poválečných letech, byl včetně svozů v roce 1951 rozmístěn na 11 zámků jižní Moravy a do dalších muzejních institucí a v letech 1957-1960 postupně navrácen, bohužel již v torzu, do zámku Bruntál. V několika zámcích střední a jižní Moravy se ještě dodnes nachází jeho části.
Všechny předměty jsou zapsané v tzv. černých knihách (přírůstkové) a v Základní evidenci mobiliárních fondů. Jeho správa se řídí Metodickými pokyny MK ČSR ze dne
28. 12. 1975 čj. 2991/76 a instrukcemi MK ČSR 3272/74-VI/1.
Knihovny Zámku Bruntál a Hradu Sovince
Knihovny Zámku Bruntál a Hradu Sovince (v Ústředním seznamu kulturních památek zapsané pod jedním rejstříkovým číslem 13309/38-8226), představují historické knihovny, které vznikly jako výsledek cílené sbírkotvorné činnosti. Knihovna Zámku Bruntál čítá 9 308 děl (asi 13 000 svazků), z toho 33 rukopisů, a knihovna Hradu Sovince 19 792 položek (22 rukopisů). Obě jsou umístěny v objektu zámku Bruntál. Jejich správa se řídí Směrnicemi MK ČSR z 8. 6. 1969 čj. 10284/69.
Bruntálská zámecká knihovna byla založena velmistrem Antonem Viktorem v roku 1803, kdy obsahovala několik set svazků. Razantně byla rozšířena zejména arcivévodou Evženem, který do Bruntálu nechal svést knihy ze svých sídel v Rakousku. Je součástí zámecké expozice, kde je umístěna z větší části v původních prostorách
a na původních policích. Sovinecká hradní knihovna vznikla na přelomu 19. a 20. století (Evžen Habsburský). V roce 1945 byla převezena do Bruntálu, což ji zachránilo před požárem. Od roku 1950 do počátku 90. let 20. století byla umístěna v Opavě (Slezská studijní knihovna), následně v Radimi a dnes je umístěna v depozitářích Muzea v Bruntále na Zámku Bruntál.